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    测序芯片/cexuxinpian
    外泌体全转录组测序
    发布时间: 2018-09-27 14:23:18 | 次浏览

            外泌体(Exosome)是活细胞分泌的直径约为30-150nm的膜性囊泡,囊泡内包含有丰富的miRNA、lncRNA、circRNA。其中,miRNA是生命活动中重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢紊乱发挥着重要的作用。基于Illumina高通量测序平台的small RNA测序技术不受物种限制,具有高灵敏度和高精确性,既能鉴定特定条件下表达的miRNA,也能发现新的miRNA。同时还可用生物信息学分析筛选在特定条件下差异表达的miRNA。
            lncRNA是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA。研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应(Dosage compensationeffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为遗传学研究热点。
            环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子,也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。在功能上,近年的研究表明,circRNA分子富含microRNA(miRNA)结合位点,在细胞中起到miRNA海绵( miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平;这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。通过与疾病关联的miRNA相互作用, circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。
            因为Exosome里包含有丰富的miRNA、lncRNA、circRNA,所以近年来外泌体逐渐成为科学研究的热点领域。上海海方生物拥有强大的技术团队,为您提供外泌体RNA全转录组(包含mRNA、lncRNA、circRNA)测序技术服务。
     
     
     
     
    技术优势
    1、丰富的外泌体分离抽提经验,采用进口试剂盒,能够从多种样本中获得高质量的外泌体。
    2、丰富的外泌体总RNA抽提经验,能够从少量样本中获得高质量的外泌体总RNA。
    3、丰富的建库经验,根据外泌体RNA质量,采用合适的RNA建库方法,满足不同的研究需求。
    4、极高的覆盖度,通过采用优化过得新一代高通量测序技术,可以检测到低丰度的稀有circRNA。
    5、专业的生物信息分析团队,提供专业的数据分析及可直接用于文章发表的图表。
     
     
     
     
    数据分析内容:
    1、基础数据分析
    ①原始数据质控检查;
    ②比对结果质控检查;
    ③基于基因表达的样品主成分分析;
    ④差异基因表达及相关通路富集分析;
    ⑤环状RNA预测及鉴定;
    ⑥环状RNA差异分析;
    ⑦差异环状RNA宿主基因的通路富集分析;
    ⑧差异环状RNA的靶向miRNA预测分析;
    ⑨lncRNA差异分析;
    2、高级数据分析
    ①基于基因表达的通路活性分析;
    ②转录调控活性分析及通路互作分析;
    ③差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析;
    ④环状RNA及靶向miRNA网络调控制图
     
     
     
     
    样品要求:
    血清样本: 5ml  (全血10ml);
    血浆样本: 5ml  (全血 8-10ml);
    无血清培养细胞上清:50ml;
    其他如尿液、卵泡液、精液、分离好的外泌体、提好的总RNA等的样本要求请详询工作人员。
     
     
     
     
    运输条件:
    客户邮寄标本需使用干冰运输,请提前跟公司销售联系并告知快递单号;也可联系公司销售员上门取样。
     
     
     
     
    测序周期:收到样品后6周左右反馈结果。

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